海因克斯在91/92赛季离开了拜仁慕尼黑队，索伦·勒尔比接替了他的位置。但是拜仁的成绩并没有得到提升，甚至一度陷入保级危机。俱乐部又请来了埃里希·里贝克。贝肯鲍尔和鲁梅尼格此时正式担任了俱乐部的副主席，并给了里贝克很大的帮助。在93/94赛季，足球皇帝亲自上阵，他接过了没有好运气的里贝克的教鞭，率队夺得了德甲冠军。然后拜仁进入特拉帕托尼时代。不过虽然与球员和媒体的关系处理的不错，他却没有给俱乐部带来想要的荣誉。在94/95赛季，拜仁慕尼黑队联赛最终仅排名第六，在欧洲冠军杯半决赛上也被阿贾克斯队淘汰。于是雷哈格尔来了，同时到来的还有球星克林斯曼、赫尔佐格和斯福扎。在1996年的欧洲联盟杯半决赛上，拜仁慕尼黑队遭遇巴塞罗那队。在奥林匹克球场，两队2比2战平。形势对拜仁慕尼黑极为不利。然而在1996年4月16日的诺坎普球场，拜仁慕尼黑的将士们众志成城，凭借巴贝尔和维特切克的进球以2比1客场获胜，晋级决赛。 1994年起就出任俱乐部主席的贝肯鲍尔在决赛时他就站在场边观战。球队在两回合里以2比0和3比1战胜波尔多，赢得了俱乐部历史上唯一一座欧洲联盟杯冠军奖杯。但是那一年的德甲联赛冠军却是多特蒙德。特拉帕托尼又回到了俱乐部。在拜仁执教的这两个赛季内，他为球队带来了两项冠军：1997年德甲联赛冠军和1998年德国杯冠军。当这位意大利人离开时，整个慕尼黑都向他鞠躬致敬。他以他充满激情的演说赢得了球迷的心，人们不会忘记他。特拉帕托尼走后，继任者是希斯菲尔德。他执教的第一个赛季就堪称完美：球队夺得了历史上第15个德甲联赛冠军，同时也进入了德国杯和冠军杯的决赛。但在巴塞罗那的那个夜晚，球队在最后时刻不可思议的连丢两球痛失冠军。在德国杯决赛上，球队在点球大战中4比5惜败于云达不来梅队。拜仁夺冠庆祝瞬间2000——2003伟大的比赛伟大的球队

99年5月26日冠军杯决赛，曼联2：1拜仁

后卫：2巴贝尔 3利扎拉祖 4库福尔 5安德森 10马特乌斯 18塔纳特 25林克 30约翰森

1975-76赛季拜仁1-0圣埃蒂安

在那赛季，拜仁慕尼黑队的主力阵容包括卡恩、库福尔、帕特里克-安德森、林克、萨尼奥尔、哈格里夫斯、萨利哈米季奇、埃尔伯和绍尔等球员。

1994 AC米兰4：0巴塞罗那奥林匹克体育场雅典

所以拜仁要想真正达到顶级一流球队，至少能够进入第一集团那要改进的地方还有很多很多……

最终全场比赛结束，拜仁1：0击败巴黎，以11战全胜的战绩夺得队史第六次欧冠冠军。

前锋：

拜仁在首回合5比1胜出。此前11次对阵阿森纳取得6胜2平3负，其中客场2胜1平2负不弱下风。但自从2014年客胜阿森纳以来，拜仁近8个欧冠淘汰赛客场4平4负未尝胜绩，里贝里、罗本、阿隆索、胡梅尔斯和拉菲尼亚轮换进入首发。阿森纳轮换4人，桑切斯回到首发，拉姆塞、沃尔科特和奥斯皮纳出场。维尔贝克热身时受伤，吉鲁临时入替进入首发。

后卫：2萨尼奥尔 3卢西奥 5范比滕 6德米凯利斯 21拉姆 23扬森 25伊斯梅尔 30莱尔 32胡梅尔斯 35布雷诺

1956皇家马德里4：3兰斯巴黎王子体育场巴黎

1986布加勒斯特星0：0（点球2：0）巴塞罗那皮兹胡安球场塞维利亚

球队教鞭改由菲利克斯·马加特接掌，他带领拜仁连续获得了两次联赛杯赛双冠王。在2005-06赛季开始之初，拜仁的主场由原奥林匹克体育场搬迁至了新的安联竞技场，新的球场同样是与同城对手慕尼黑1860共同使用。拜仁在2006-07赛季的表现较为飘忽，除联赛表现不佳外，杯赛上也再次输给了亚琛，菲利克斯·马加特于是在冬歇期过后不久即遭解职。

- 2001年2月21日：莫斯科斯巴达对阵拜仁慕尼黑，比分为0-3。